Hola, ¿qué tarjeta gráfica es?, creo que el conector de alimentación de la extensión PCI-E no puede reemplazar a la alimentación de la tarjeta gráfica, quiero decir, la energía que reciba el conector PCI-E queda para el, la tarjeta gráfica recibiría la misma alimentación que si estuviera conectada a un puerto PCI-E 16 común, estando alimentada como cualquier tarjeta gráfica que no necesite alimentación auxiliar (por ejemplo HD 7750 o GTX 750Ti).
En función de la tarjeta gráfica puedes plantearte "pasar" de conectarla a la fuente para no tener que alimentarla de manera auxiliar, pero esto por lo general (aun tratándose de una tarjeta de gama media o media/baja como GTX 960), se traduce en un bajo rendimiento de la tarjeta, al no recibir esta alimentación la tarjeta moverá los juegos por debajo de su capacidad real, aunque ya sabrás que es así.
Una solución básica es utilizar un duplicador, para alimentar PCI-E y la tarjeta gráfica al mismo tiempo, (de un molex principal conectado a la fuente se obtienen dos o tres molex de 4/6 pines.)
(Edit: este es el que necesitarías, el duplicador debe ofrecer un molex normal más el de la tarjeta gráfica)
Saludos