Te va a funcionar sin problemas.
La única pega que puedes tener es que en algunas placas, el PCI-E 1 lo asigna x16 y el resto (en caso de tener más de 1) lo asigna x8. Con lo que pierdes algo de velocidad en el PCI-E.
En otras placas simplemente reparte la velocidad 1 gráfica = x16, 2 gráficas = x8 ambas, 3 gráficas = x8, x4,x4...
Pero irte tendría que irte sin problemas.