Hay muchas componentes (placas, GPUs... etc) que al arrancar, por defecto ponen los ventiladores a tope de revoluciones, pero cuando entran en el Windows y se cargan los drivers ya empiezan a funcionar como es debido.
Comprueba las opciones de la BIOS, por si es algo que tienes marcado (ya que igual se pone a tope para limpiar cualquier posible calor residual que quedara dentro de la caja).
Salu2