Desactiva primero el crossfire desde el catalyst control center. Una vez hecho eso, supongo que la podrías desactivar desde el administrador de dispositivos sin problema.
Eso sí, no le veo sentido. En AMD, si la segunda gráfica no está en uso (porque no estás jugando, o porque tienes el CF desactivado) el consumo se reduce al mínimo (poco más de 1W), googlea AMD Zerocore si gustas.
Vaya, que me parece absurdo. Si quieres usar solo una gráfica, desactiva el CF y ya. Y si la idea es bajar calor y ruido y realmente no necesitas la potencia de dos gráficas, yo desmontaría una y me plantearía su venta.
Piensa también que, si juegas con vsync activado, las gráficas no trabajan "de más", solo calculan los cuadros que el monitor es capaz de mostrar, si es el caso, no vas a ganar gran cosa quitando una de ellas. Si ganas calor y consumo será porque realmente era necesaria la potencia de ambas para que el limitante sea la frecuencia de refresco de tu monitor.
Saludos