Vamos a suponer que ambas tarjetas tienen el mismo rendimiento, que se puede matizar mucho pero sería meternos en un jardín de forma innecesaria.
La tarjeta de AMD es mucho más barata, y te permite disfrutar de Mantle y TrueAudio.
La de Nvidia es bastante más cara, pero tiene mejores drivers, efectos gráficos en ciertos juegos no compatibles con AMD, Physx, Geforce Experience, GameStreaming, Shadowplay...