Posiblermente sea por que para que funcione en ese slot a x4 tendrias que tener el anterior slot x4 en uso, si no lo tienes en uso, es por lo que te va a x1
En mi placa, con 3 slots, todos funcionarian a x16 si estubieran todos los slots ocupados, en el caso de que el primero no lo este, el resto va a x8, y si uso solo el ultimo, solo me va a x4, en cambio, si uso el 2 y el 3º solo me va a x8 siendo todos a x16, no se si me he explicado.
De todos modos, como tu placa es muy configurable por UEFI, posiblemente puedas mirar o se pueda ajustar a traves de la bios.
Siento no serte de mas ayuda, pero no conozco bien tu placa y me guio por la mia que es como normalmente funcionan todas.