Los WD Green no son para SO, no están pensados para SO, y se degradan mucho más rápidamente si se usan para SO. Espero que configurases el hpdarm, porque si no te estás cargando el HDD poco a poco.
Dicho esto, la causa es casi seguro el HDD. Mira el SMART con CrystalDiskInfo, HDTune o similar por si estuviera algo mal, aunque ya te digo que seguramente el parámetro Load Cycle Count estará por las nubes. Ten en cuenta que son discos duros pensados para almacenar datos grandes, hacer poco ruido y gastar poca electricidad. Para SO buscas tiempos de acceso cortos, acceso aleatorio rápido y velocidades de transferencias altas, justo lo que un WD Green no ofrece. Además para ahorrar energía se suele desconectar al poco de no usarse, puede que sea eso lo que notes.