Normalmente te debe de saltar la alarma de las revoluciones al encender el pc, al arrancar. Hay algunas placas, en las que puedes configurar la alarma para que salte a ciertas revoluciones, esto en la bios. De todas formas, como te han dicho antes, puedes probar con otro ventilador, a ver que pasa.
A mi me pasó lo mismo hace un par de semanas, que puse un disipador nuevo, e iba a revoluciones muy bajas. Al principio iba entre 500 y 600 revoluciones, me saltaba el mismo mensaje al arrancar. Como la temperatura estaba bien, no le di más importancia. Lo que sí, de buenas a primeras se estabilizó alrededor de los 1200 revoluciones y ya no me salió más el mensaje.
Saludos