Técnicamente malware es el término que se utiliza para referirse a cualquier software malicioso: virus, gusanos, troyanos, keyloggers, rootkits, rogue software, spyware, etc. Lo que popularmente se conoce a día de hoy como "antivirus" tiene un motor de análisis en tiempo real que protege contra la mayoría de tipos de malware.
Desde el punto de vista de la seguridad a día de hoy en sistemas windows lo más importante es mantener el sistema operativo y programas actualizados (java, navegador, adobe reader...) y como antivirus puedes utilizar alguno gratuito como el Microsoft Security Essentials que viene con Windows 7.
El Malwarebytes en su versión free no tiene scanner en tiempo real, por lo que solo sirve para limpiar una vez infectado el equipo, no para protegerte.