Para particionar yo uso el mismo Windows y nunca he perdido nada.
El disco de recuperación tendrías que tocarlo con algún programa a parte, no recuerdo ahora el nombre del que usé yo. Eso sí, no fui capaz de volver a ponerlo para que pudiese recuperar desde ahí. En este tema:
hilo_instalar-windows-7-limpio-con-clave-de-portatil_1771627 explican como instalar el Windows 7 limpio con la licencia que ya tienes, por lo que si pierdes esa partición de recuperación tampoco vas a morirte. Yo de hecho la borré porque me iba mal y ahora uso el Windows 7 con licencia que tengo por ser estudiante

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Al disco de 500GB puedes hacerle perfectamente una partición desde el mismo Windows sin perder nada. Para instalar el Windows 7 creo que se piden 20GB menos pero yo le pondría más, por si luego quieres instalar cosas que ocupan lo suyo. Unos 100GB estaría bien. Después al formatear elegirías esa partición para la instalación del SO y listo.
El disco de 1TB ya podrías formatearlo y usarlo como unidad de almacenamiento.