No es exactamente que se "pierda" el flasheo.... lo que sucede es que la nueva actualización flashea el lector para prepararlo para el nuevo formato XGD3, sobreescribiendo cualquier firmware anterior (el flasheo).
Si instalas el 2.0 y luego actualizas, la actualización detecta que tu lector ya está preparado para el XGD3, y no te reescribe nada en la grabadora, limitándose a otras actualizaciones del sistema.
Solo una advertencia... si flasheas antes de actualizar, es posible que el identificador de tu lector no se corresponda exactamente con el de los tutoriales que hay por EOL... pero no es nada importante.