Aprende varios a la vez:
-Con C vas a tener muchisima documentacion para informarte y aprender. De el, migrar a C++ o Java es aprender POO. (Andate con cuidado, hay gente que se le pegan malas costumbres de C en la POO)
-Mientras, puedes aprender un leguanje de script: Perl, PHP, Ruby, Python, Lua... Perl me da asquito, PHP no he hecho nada, pero Python y Lua si que se y Ruby estoy en ello. Puede que no sean tan eficientes como C y todas esas tonterias, pero hay que ver lo que se puede llegar a hacer con ellos!
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Ademas, hay muchos proyectos OpenSource en estos lenguajes.
Yo empece con Lua, despues en la carrera aprendi C y C++ y he ido aprendiendo algo de Java (Se da al año que viene), Python, Ruby, Perl...
Te recomiendo C junto con un lenguaje de script, para que veas la programacion desde una base suficientemente de nivel bajo, pero mientras, que no te aburras y hagas cosas mas divertidas y entretenidas y dejes volar un poco tu ingenio...
Y sobre el entorno de programacion: Make, GCC, Vim y Linux.