La tabla de particiones, así explicado mal y rápido, lo único que indica es cómo tienes dividido el disco duro. Si en varios cachos, en uno sólo, en tres cachos con otro subdividido, etc. Mientras que los sistemas de archivos (NTFS, FAT32, EXT4...) vienen a decir cómo se va a grabar la información en cada partición.
Si dices que el disco a veces te lo reconoce como 1TB y otras como 30MB quizás, como ya te han dicho, el problema puede estar en la tabla de particiones que esté corrupta de alguna manera o algo así. Búscate algún programa que te permita reparar o comprobar la tabla de particiones.
En cualquier caso, si el HDD es externo, ya ha habido usuarios que se han quejado de problemas de ese tipo y creo que tenían que ver con el firmware de la caja del disco o algo así...