Es el disco duro claramente, es lo que te he dicho, como le pidas que haga mas de una cosa a la vez, se cae... mira el mio de 160GB 7200Rpm, haciendo una cosa va a 50MB/s maximo, pues haciendo mas de una va a 10MB/s en total! pierde un 80% de rendimiento...
No tienes que volver a instalar todo, mira, vacia el discoduro nuevo, y usa un programa de clonacion de discos para clonar el viejo en el nuevo, y ya esta, pones el nuevo para que arranque y lo tendras todo igual, en 15min, nada mas de tiempo.
Si entiendes lo minimo, puedes usar el CloneZilla, que es gratuito, si no te enteras de que va el tema... no se me ocurre ahora mismo un programa mas sencillo... como te he dicho, necesitas uno que te clone el disco en otro.