Con un "tester" o multímetro digital podrías medir si llegan los 5v correspondientes.
Acá tenes un diagrama:
http://mc.pp.se/dc/controller.htmlSi no hay +5v entonces son los puertos. Si los hay, pues, podría ser tanto el pad como los puertos.
Se que cuando ninguno de los puertos funciona era causado por una resistencia que se abría, lo que no recuerdo es si esto afectaba al +5v.
Lo que si es seguro es que si no hay +5v los puertos están mal.
De todas formas, teniendo un tester te conviene medir la resistencia problemática para salir de dudas y ya.
Para mi es mucho mas probable que fallen los puertos a que un pad se muera completamente. Pero es una simple opinión basada en mi experiencia. Tu caso no tiene porque ser así.
Un saludo