si es un disco duro esclavo pues usa el mismo windows pa particionar, solo puedes tener 4 primarias o 3 primarias y una extendida, dentro de la extendida todas las que quieras.
si pueden ser ntfs, si vas a usar linux, mac o pretendes pincharlo en algun aparato en plan xbox o dvd con puerto usb tendras que hacerlo en fat32(este formato tiene limitacion de 32 gb desde el gestor de windows o usar otro programa que no tenga esa limitacion).
si haces un formateo rapido tardara segundos, si lo haces lento comprobando sectores tardaras dias. para el desfragmentado tardara poco en las particiones con archivos chicos(fotos) y mucho con archivos gordos(pelis). pero al final salvo en raras ocasiones o que seas muy exceptico nunca te acordaras de desfragmentar y mas en esos volumenes de discos duros.
si no es para tenerlo de esclavo pero el pc te funciona ahora mismo pos los mismo lo pinchas, le haces las particiones que tu veas logicas, yo con una pa sistema y otra pa datos lo veria sobrao que pa algo existen las carpetas

si no te funciona el pc pos yo uso el partition magic del hiren boot y me va estupendo, no recuerdo ahora mismo si tiene el problema de los 32 gb del fat32 y reconozco que a veces se me ha atravesado, pero si no va por uso otro del hiren y en paz.
espero haberte ayudado
un saludo