No se que es lo que quieres hacer exactamente...
Puedes hacer varias particiones en el pen por ejemplo.
Otra forma es si es Windows..., joderle y hacerle particiones que el no conozca (casi todas

)
Es bonito tener una ext2 para Linux y luego otra FAT32 para datos, perfecto para hacer versiones LIVE.
Como no se tus intenciones..., si es para un trabajo..., siempre se puede tirar de hacer el tonto y meter un dump de 500MB como archivo oculto y de sistema para reirte un rato

. Seguro que un 70% de los empleados de la mayoria de empresas ni se daria cuenta

.
Por curiosidad, ¿para que quieres limitar un dispositivo de almacenamiento?