pues yo he pasado muchos videos de mkv a wmv para la gente de una comunidad bitorrent bastante grande (que no solo se dedica al mundo del HD) y uso el tmpgenc y hay que tener varias cosas en cuenta:
Al abrir el archivo mkv, el audio saldra en 2 canales (estereo). Hay que extraer antes el archivo de audio con mkvextract y cuando eliges la pelicula en tmpgenc abajo en el audio escoger el extraido, te saldra un mensaje le das a yes y ahora si saldra 5.1 (si lo tenia)
Despues se escoge en el tipo WMV, se elige en video windows media video advanced 9, en bitrate vbr 2 pass y en el bitrate un 15 o 20% mas de lo que tiene el mkv (se sabe con media info). En bitrate maximo (mas abajo) en teoria es ver una escena de accion y ver cuanto sube el bitrate y sacas una idea.
en audio eliges windows media audio 9 professional y elegir 5.1 a unos 640 o 440 KBps , y ya se puede encodear. Un episodio de una serie me suele durar unas 10 horas a 11. parece un poco lioso pero luego es sencillo.
Un ejemplo es si el mediainfo me dice que la peli tiene un bitrate de 6800, , le pongo 7800 o 8000, y en el maximo 12000
cualquier duda preguntar