Pues yo intenté borrar una vez el boot.ini (desde un pc virtual) o cargarme windows borrando archivos de la carpeta Windows, y, además de regenerarse de la nada, muchos de ellos no me dejaba borrarlos siendo administrador, entre ellos el boot.ini. Ni siquiera desde MS-DOS...
Creo que algunos subestimáis la protección contra borrado de archivos principales de Windows...si fuera tan fácil cargarse Windows...(vale, es fácil, pero no tanto como para cargárselo con un simple script...)