Puedes utilizar varios,
Tienes el usdownloader, con ese pones tu usuario y contraseña y cuando pegas los enlaces se te descargan directamente.
Por otro lado tambien puede utilizar Gigaget, seleccionas todos los enlaces que te quieres descargar y con el boton derecho le das a descargar todo con gigaget.Por ultimo cuando se te abra la ventanita para descargar el fichero, en el apartado donde te pide usuario, pones tu usuario y contraseña de rapidshare y una vez hecho eso ya te descargaras todos del tiron.
Espero que te sirva de ayuda