Bueno lo mas importante es el chipset, que es el conjunto de chips que organizan el funcionamiento del micro y la memoria. Digamos que es lo que afecta a la potencia y hace que los datos vayan fluidos.
Todo esto hace el ordenador funcionar y los fabricantes van sacando diferentes modelos. De los mas famosos de ahora creo que es el Intel P35 y el de nvidia que son 680 o asi.
Despues estan las diferentes cosas que tenga la placa, cosas como la capacidad para hacer funcionar diferentes tarjetas graficas a la vez, el wireless, si tiene firewire de 800 mbps o no, tarjeta de audio de calidad o cutre salchichera, etc.
Una ultima cosa pero muy importante es la calidad general de la placa, que sea fiable y tal, que tenga buen soporte por internet para resolver dudas y que tenga un manual en condiciones. Aqui es donde Asus siempre ha destacado.