Yo creo que te he entendido.
Lo que tu quieres hacer es un cd con "tus programas" y "tus seriales", e instalarlos a tu voluntad.
Es como hacer un CD con autoarranque en el que salga un menú donde puedas seleccionar los programas a instalar y hacer un click sobre un botón y que el programa se instale el solito de forma desatendida y con el serial sin tener que introducirlo.
Si es esto lo que quieres hacer, necesitas 2 programas, uno que te cree un CD con autoarranque, hay muchos, y otro que te genere una instalación "desatendida" de cualquier programa.
Hay un programa que se usa para hacer programas "portables", que no necesitan de instalación y lo que hacen es simplificar los pasos de la instalación e introducir los seriales automaticamente, a ver si lo encuentro y te lo digo.
EDITO:
AutoPlay Menu Studio y Thinstall