Yo te voy a echar un cable
1º asegurate si esta correctamente instalado en el ide adecuado maestro-esclavo (si no sabes que es esto preguntame)
2º dado que fisicamente esta todo correcto, 1º comprueba la bios si te detecta el disco duro, si es asi, pasa al paso 3, (si no preguntanos)
3º si la bios lo detecta y el windows no, ES NORMAL, si tiene un formato diferente al FAT 16, FAT 32 O NTFS, windows ni se entera, ¿que hacer?, na facil, create un disquete de 3 1/2 de arranque con windows que incluya el comando FDISK.EXE (Inicio-ejecutar-cmd, teclea a:, format /s y esperate un minuto o desde MI PC boton derecho sobre la disquetera formatear "como disco de sistema"), reinicia y dile a la bios que la primera unidad que tenga que leer sea el disquete, con ello te arrancara en modo MS-DOS, una vez que lo tengas asi teclea FDISK, ahi te saldran los discos duros, MUCHO OJO CON LO QUE TOCAS, AVISO. selecciona el disco duro 1 o 2, y pulsa 4 (ver tabla de particiones)deberias de poder ver en tu disco "nuevo" una particion no reconocida por FDISK o de formato desconocido, sal de ese menu y escoje el 3 ELIMINAR PARTICION PRIMARIA O EXTENDIDA, cargate la particion, y sal del menu, ahora pulsa 1 y crea una nueva particion primaria, si esto lo ves chungo, dejalo estar, arranca windows y el te avisara si le quieres dar formato al disco duro.
Hay programas como partition magic o similares que no siempre interpretan bien un formato "raro" digamos, como si por ejemplo quisieras instalar el disco de la play2 en el pc, no lo pilla, hay que hacerlo por MSDOS, bueno es un truquillo que yo tengo y me sale bien. Comentanos que tal te ha ido, es muy facil, no tengas miedo. Un saludo!;)