Es muy extraño que pete aticonfig, lo unico que hace es generar el xorg.conf. Prueba a regenerarlo con el dpkg-reconfigure y volver a pasar el aticonfig, a ver si esk se está liando con el xorg.conf por haberlo tocao a mano o algo.
En cuanto a Beryl, si usas los drivers oficiales de ATI tendrás que usar el tutorial para instalar beryl sobre XGL, los drivers oficiales no soportan AIGLX, y sinceramente, la opcion XGL a mi no me va muy fina en Ubuntu, es una lástima.