Ni el Windows 98 ni el Me reconocen particiones NTFS, por lo tanto te serviran para lo que quieres.
Del Windows Me he oido hablar siempre muy mal. Yo lo use durante unos años y no tuve ningun problema. Al ser posterior, en algunas labores era mejor, por ejemplo cuando buscabas ficheros en el disco duro o al copiar grandes cantidades de datos. Si instalas el Me, desactiva el guardado de copias de seguridad, consume mucho espacio en el disco duro y no sirve para nada.
Otra opcion que tienes es instalar Windows XP y crear un usuario para tu hermano. NO tiene ni de lejos la seguridad que tiene un Linux, pero si particionas tu disco duro con NTFS podras estar mas o menos protegido de las barbaridades que te puedan hacer (si la particion es FAT32 no hay proteccion que valga)
Suerte