A mí generalmente todos los spywares y similares que me dan problemas son los que los programas no dan arreglaos. Me pregunto como a día de hoy un antiavirus/anti-spyware puede no ser capaz de borrar un archivo porque está en uso, ¡si de eso se trata! xDD.
Cuando me pasa algo similar, pruebo con algún programa diferente (aunque esos sean los más efectivos, puede escapársele algún spyware que otros programas sí detectan), o a averiguar cuáles son los archivos problemáticos para borrarlos manualmente o con Killbox.
En fin, trastear un poco de forma más manual, que esos programas suelen tener problemas con los spyware/virus más jodidos.