A mi con el CD de Windows XP con SP1 integrado no me pillaba el SATA sin meterle el diskete. Ha sido a partir del SP2 cuando ya se ve que llevaba integrados drivers para chips comunes.
DiGiJoS tu caso es que seguramente instales el SO en el disco IDE y en el momento de la instalación ni se entere de la presencia del disco SATA, luego ya en windows cuando metes los drivers de la placa y demás te lo cogerá bien. No deberías tener problemas siempre que metas en el disco IDE el SO. Yo por velocidad te recomendaría que usases el SATA para el sistema.
