Por lo que comentas creo haber entendido que quieres cargar los juegos desde el disco duro sin utilizar el lector. Es posible yo mismo lo he hecho.
Para poder hacer eso necesitaras un chip que permita arrancar aplicaciones desde la memory como el matrix infinity, dms3+, dms4,o2 y ghost2.
Si tienes el chip el siguiente pasa sera pasar el hdloader o hdadvance a la memory, para eso tendra que hacerlo desde otra ps2 por el problema que tienes.
No te lies con el cogswap eso es para arrancar una copia de un juego sin chip pero en tu caso no sirve porque el lector no va.
Espero haberte aclarado las ideas, para mas informacion utiliza el buscador.
Suerte.