pues yo creo q si se puede, hace tiempo formatee un portatil tenia el lector jodido y lo unico q tenia era una grabadora usb, me fui a la bios y donde pone con el dispositivo q kieres arrancar (hd0, hd1, disk, cd room, etc), marcas USB, no se si tendras problemas para instalar el windows pero si lo tienes cuando al principio de la instalacion te ponga a bajo " pulsa F4 (creo q era F4 sino F6) para instalar un dispositivo SCSI, RAID, etc ..." lo pulsas y metes el disquete con los driver de tu disco duro USB (sino los tienes los podras encontrar en la pagina del fabricante)
yo nunca lo he probado pero creo q si se puede, prueba como t he dicho y ya nos contaras, salu2
Si no t ha kedado algo claro pregunta, suerte