Comentar que ya lo he solucionado. Efectivamente era problema de players.
Yo habia descargado de la web de matroska el lite pack, ultima version disponible, y tb descargado la ultima version del splitter, con los resultados que comente en el primer post. Y tenia descartado el tema codecs, ya que WMP reproducia el archivo sin presentar descentrado...aunq no era valido por no poder elegir pista de audio.
el MPC 6.4.8.2 reproduce el archivo perfectamente. (BSplayer 1.00 build 810 por el contrario descentra, como hacia el MPC q utilizaba hasta ahora, el 6.4.6.0)
Gracias a todos y saludos.
pd. de momento no me esta haciendo mucha gracia el mkv, no veo que añada nada interesante al OGM, solo mas lio (EMHO)