The Cube transporta a los jugadores a un mundo retrofuturista varios años después de los hechos narrados en Atomic Heart. En esta época los satélites han detectado una gran estructura flotante cuyo nombre en código es Cubo. Su geometría es perfecta, pero en su interior se organiza de forma anómala e inestable y se está convirtiendo en el epicentro de fenómenos cada vez más peligrosos. Las expediciones que han llegado hasta el Cubo se han encontrado con todo tipo de estructuras, zonas urbanas, bosques, instalaciones industriales, zonas costeras, laboratorios... El Cubo cambia y se reorganiza en tiempo real.
También ha llegado información que en el núcleo del Cubo se encuentra una ecuación que, en caso de ser descifrada, podría salvar la humanidad, pero de lo contrario la podría condenar.
En The Cube los jugadores formarán parte de expediciones que explorarán esta estructura en solitario o en cooperativo. Cada misión cuenta, pues el progreso personal se guarda incluso cuando termina en fracaso. Los desafíos que esperan en el cubo incluyen distorsiones y formas de vida muy agresivas. También se han registrado casos aislados de contactos neutrales o amistosos. Mundfish promete un sistema de combate intenso y táctico, con batallas dinámicas, un generoso arsenal, habilidades y poderosos jefes. Y a pesar de la naturaleza multijugador, The Cube asegura una historia con una narrativa conectada al universo de Atomic.