La historia de Pragmata se ambienta en un futuro no muy lejano, cuando la humanidad ha conseguido establecerse en la luna y descubierto un mineral llamado lúnum que ha hecho posible el refinamiento de la fibraluna, un elemento capaz de replicar cualquier tejido siempre y cuando posea sus datos de composición. La fibraluna se investiga y desarrolla en una estación lunar con la que se ha perdido toda comunicación. Cuando un equipo de respuesta llega a la estación se produce un gran terremoto y Hugh Williams, nuestro protagonista, queda herido y separado de su equipo.
Hugh es encontrado por una Pragmata, un androide de última generación creado con fibraluna que tiene la apariencia de una niña. El androide adopta el nombre de Diana. Los jugadores se encontrarán con un tercer personaje llamado Cabin, un robot de apoyo independiente. Hugh y Diana tienen como objetivo volver a la Tierra, pero antes deberán sobrevivir en una estación lunar dominada por una IA fuera de control que protege las instalaciones con robots blindados.
El sistema de combate de Pragmata se divide en dos partes. Diana es capaz de hackear a los enemigos para descubrir sus puntos débiles, mientras que Hugh dispone de un arsenal de armas de fuego. Para deshabilitar el blindaje reforzado de los robots enemigos los jugadores deberán manejar un panel de hackeo moviendo el cursor a lo largo de una trayectoria continua hasta el nodo de meta de color verde. Por el camino se pueden atravesar nodos azules para potenciar el efecto de hackeo, amplificando el daño y el tiempo de incapacitación del blindaje, pero no siempre es necesario hacerlo. Cada situación requerirá una estrategia diferente.
Una vez completado el minijuego de hackeo entra en acción Hugh, que puede equiparse con cuatro armas (principal, dos ofensivas y táctica). El arma predeterminada es débil pero es la única que se recarga gradualmente, mientras que el resto se rompe cuando se agota su munición. La necesidad de gestionar el armamento pone en valor la parte de hackeo de Diana, que además de deshabilitar la armadura de los robots puede bajar sus defensas o incapacitar a varios objetivos a la vez. A medida que avance la aventura se desbloquearán nuevas armas y nodos de hackeo, aumentando de esta forma las estrategias que puede elegir el jugador.
El binomio que forman Hugh y Diana también es importante a la hora de explorar la estación lunar. El primero cuenta con propulsores para desplazarse por las instalaciones, mientras que la segunda piratea los sistemas de seguridad para desbloquear puertas. Durante el reconocimiento los jugadores encontrarán escotillas de escape que sirven para volver al refugio, un espacio seguro en el que usar los materiales recogidos para mejorar el equipo. En el refugio es donde encontramos a Cabin, que tiene la capacidad de mejorar las instalaciones.
"Llevamos mucho tiempo esperando este día", dice Naoto Oyama, productor de Pragmata. "El equipo de desarrollo ha estado trabajando con pasión en este proyecto durante muchos años, y la comunidad ha estado presente en cada paso del camino. Puede que haya llevado tiempo, pero sentimos que hemos creado algo realmente único y especial para vosotros. Muchas gracias por vuestro apoyo. Estamos encantados de que, por fin, ya todos podamos vivir esta inolvidable aventura de Hugh y Diana".