MechWarrior 5: Clans presenta una historia ambientada durante la Invasión de los Clanes que pone a los jugadores en la piel de un joven y prometedor piloto que recientemente ha completado su entrenamiento en Huntress, el planeta del clan Smoke Jaguar. Como miembro de un escuadrón de cinco mechas conocido como Star, los jugadores se verán inmersos en la invasión de la Esfera Interior por parte de los Clanes, “un momento crucial en el universo BattleTech", asegura Piranha Games. La Operation Revival, así es como los Clanes denominan a la Invasión de los Clanes, llevará al escuadrón Star a la primera línea del conflicto.
La campaña de MechWarrior 5: Clans se desarrolla a lo largo de diferentes planetas y a través de varios biomas. A nivel jugable, la introducción de los Clanes permitirá a Piranha Games poner en manos de los jugadores una gran cantidad de tecnologías para la guerra. Antes de la Invasión de los Clanes, en la Esfera Interior se vivieron dos Guerras de Sucesión que provocaron la pérdida de muchos avances tecnológicos, mientras que los Clanes consiguieron grandes avances, cosa que se dejará notar en el juego cuando los jugadores tengan que configurar su máquina de guerra en el Mech Lab.
Respecto al combate, Piranha Games asegura que MechWarrior 5: Clans no es un run-and-gun, sino un juego donde los pilotos deberán planificar y ejecutar estratégicamente sus ataques.