La historia de Leyendas Pokémon: Z-A se desarrolla en Ciudad Luminalia, la ciudad más grande de la región de Kalos y el lugar donde se alza la Torre Prisma. Actualmente la ciudad está desarrollando un plan urbanístico de alta tecnología para convertirse en un lugar donde Pokémon y humanos puedan convivir en paz. Los jugadores se pondrán en la piel de un personaje que llega a Ciudad Luminalia para hacer turismo y ahí se encontrará con tres Pokémon: Chikorita, Tepig y Totodile. Uno de ellos será el primer compañero en esta aventura.
Dentro de Ciudad Luminalia se han creado zonas salvajes donde los pokémon pueden vivir en paz.
El sistema de combate de Leyendas Pokémon: Z-A será distinto al de lo visto en títulos anteriores. "Los movimientos pueden ser de corto o largo alcance o afectar a distintas áreas", dice la voz superpuesta del tráiler. "Elegid el momento y vuestra posición con cuidado para tener ventaja. Guiad a vuestro pokémon en los combates, esquivad ataques, cambiar de pokémon si os hace falta, y elegir el momento perfecto de lanzar un movimiento". Además, hay pokémon que pueden ir más allá de la evolución gracias a la megaevolución, un estado que cambiará el aspecto del pokémon y aumentará su poder.
En Ciudad Luminalia hay varios personajes por conocer, incluyendo a Urbi o Muni, que es el guía cuyo nombre depende del aspecto que elijan los jugadores, y A. Z., que regenta el hotel donde se hospedan los jugadores. En la ciudad también encontramos Quastelar S.A., nombre de la compañía que está a cargo del plan de desarrollo de Ciudad Luminalia. Su presidenta es Viona y su secretario Airén.
