Battlestar Galactica: Scattered Hopes se describe como "un juego roguelite de supervivencia y gestión de flotas con un diseño narrativo procedimental y batallas espaciales en tiempo real". El título se ambienta durante la Segunda Guerra Cylon, cuando los robots Cylons regresan y lanzan un ataque sorpresa, destruyen las Doce Colonias y la humanidad se ve obligada a huir. Los jugadores se ponen en la piel del comandante de la estrella artillera, una nave repleta de supervivientes que se ha convertido en la última esperanza para la humanidad.
En cada partida el objetivo consiste en sobrevivir al embate de la flota cylon y saltar al próximo sector seguro hasta encontrar a la estrella de combate Galactica. La jugabilidad se estructura en dos fases: gestión de la flota y combate, y para tener éxito como comandante hay que pasar una y otra vez por las dos fases. "Dominar estos dos elementos fundamentales será clave para la supervivencia en vuestra huida de las Doce Colonias", explica el equipo de desarrollo.
Los jugadores pueden elegir entre cuatro estrellas artilleras, cada una con su propia especialización.
Durante la fase de gestión de la flota los jugadores tienen un número limitado de turnos para preparar el próximo encuentro con los cylons, motivo por el cual hay que priorizar aquello que requiere tiempo conforme los enemigos se van acercando. En esta fase las tareas consisten en gestionar los recursos, mejorar la estrella artillera y los escuadrones, entrenar a las tripulaciones y explorar puntos de interés durante el viaje. Como comandante también hay que enfrentarse a situaciones, como brechas en el casco, incendios o enfermedades, y crisis, que son eventos con historias guionizadas que llevarán al CIC (Combat Information Center).
En la fase de combate los comandantes deben enfrentarse cara a cara con la amenaza cylon en una batalla asimétrica en la que la flota cylon supera a la artillera de una forma abrumadora. El combate está estructurado y empieza con el despliegue, momento en el hay que elegir la configuración óptima de escuadrones que luchan en primera línea. Tras el despliegue los jugadores se ponen a la vez al mando de los escuadrones y armas de la nave. En esta fase hay pausa táctica en tiempo real, así que existe la opción de detenerse para evaluar el desarrollo del combate en cualquier momento y probar todas las acciones con vistas previas.
Cuando el sistema de navegación de la estrella artillera haya terminado sus cálculos, llegará el momento de replegar los escuadrones y saltar al próximo sector seguro. En este punto hay que decidir si esperar a que vuelvan todos los cazas o sacrificarlos. Un salto de emergencia es útil para alejarse de la amenaza cylon, pero se corre el riesgo de perder naves. Cada vez que se logre completar un salto el jugador recibirá recursos, mejoras para los héroes y ventajas de escuadrón.