La historia de Xenoblade Chronicles 3D nos traslada hasta un mundo donde los titanes Bionis y Mekonis se enfrentaron en un mortal combate cuerpo a cuerpo. Justo después de decidir lanzar su ataque definitivo el silencio y la tranquilidad volvieron planeta.
Eones después de este enfrentamiento, los humas, moradores de los restos de Bionis, defienden su hogar ante una repentina invasión por parte de los mekon, un ejército de máquinas metálicas procedente de Mekonis.
Pero los humas no están dispuestos a someterse. A su favor cuentan con Monado, una espada cuya leyenda cuenta que siglos atrás consiguió poner fin a Mekonis. Ahora, un año después de que el héroe local Dunban repeliera a los mekon, una nueva aventura está a punto de iniciarse, la que vivirán los jugadores en la piel de Shulk.
El sistema de combates en Xenoblade Chronicles 3D se caracteriza por la acción en tiempo real y la estrategia por turnos. Se deberá formar un grupo de como máximo tres integrantes, luchar teniendo en cuenta las circunstancias de la batalla y eligiendo el mejor momento para realizar acciones especiales conocidas como artes.
Los interesados en adquirir Xenoblade Chronicles 3D mediante la eShop deben tener en cuenta que el juego no cabe en la tarjeta microSD incluida con las consolas New Nintendo 3DS y New Nintendo 3DS XL. Requiere una tarjeta microSD de 8GB o mayor.