Si no te guardaste el sector de arranque creo que la unica solucion es que instales encima otra vez WXP, si no formateas el disco seguiras teniendo todos los programas como antes.
Suerte!
Edit:
Creo que hay una opcion para que WXP te cree un sector de arranque, eso si, si tienes mas de un SO no te recomiendo que lo hagas, ya que solo te quedara WXP.
Todo esto lo estoy diiendo de memoria, hace mas de 4 años que no realizo ninguna instalacion nueva, creo que mi W98 es de record xD