No me cuadra, si formateas la partición del operativo que tengas en el disco primario, te cargas la partición, no el mbr. Mientras la partición de Ubuntu no desaparezca no habrá problema.En cualquier caso, la mayor complicación que te encontrarías sería tener que regenerar el GRUB (con SUper Grub Disk, por ejemplo), o regenerar el arranque de Windows si quieres quitar Linux.
En cualquier caso si lo que vas a instalar es un Linux, te da igual porque formateará, instalará, y meterá GRUB de nuevo todo como parte de la instalación.