Un par de cosas:
Cuando formatees, asegurate que formateas de verdad y no sólo reinstalas el Windows. Lo mejor es que te cargues las particiones y vuelvas a formatear e instalar Windows; de esta manera te aseguras que no te quede mierda por ahí desperdigada o carpetas inútiles.
Lo segundo. Para acceder a esas carpetas, selecciona la carpeta > Botón derecho > Propiedades > Pestaña Seguridad > Opciones Avanzadas > Cambiar Permisos > Agregar > Escribe en la casilla Todos > Aceptar > Activa Control Total > Aceptar y cierra todas las ventanas. Con eso, habrás ganado permisos en la carpeta para entrar, ver el contenido y borrarlo.