Buenos días amigo.
Para empezar imagino que el disco duro externo será USB 3.0, claro y que esté conectado a uno de los puertos USB 3.0 traseros de la placa, a menudo los frontales de la caja dan problemas para arrancar.
Si conectarlo a uno de los USB 3.0 traseros no lo soluciona, entra en la bios. Creo recordar que esas placas llevan Bios Award. Comprueba que el disco duro externo usb te aparezca en el listado de Hard Disk Boot Priority y si está, ponlo el primero en la lista.
Acto seguido entra en la opción Integrated Peripherals y asegúrate de que:
1) La opción OnChip Sata Controller esté en ENABLED.
2) OnChip Sata Type: Native IDE.
3) OnBoard USB 3.0 Controller: ENABLED.
4) USB Controller, USB Legacy y Storage Functions estén como ENABLED.
Guardas los cambios y pruebas de nuevo. Debería de arrancar.
Si no lo hace, juega con los parámetros de la opción OnChip Sata Type y prueba todos los modos uno por uno, guardando cada vez que lo cambies y probando a arrancar.
En teoría debería de funcionar. Ya nos cuentas. Saludos.