Yo utilizo ambos, para conexion desde internet utilizo el realvnc por el tema del encriptado y por que me da mas confianza que el escritorio remoto ya que primero tengo que meter la contraseña del vnc y luego la del usuario, ademas que puedo poner el puerto que me salga de los cojones sin tener que tocar el registro como ocurre con el escritorio remoto.
Dentro de mi lan, utilizo el escritorio remoto porque es mucho mas rapido que el vnc, con el escritorio remoto se pueden ver hasta videos tranquilamente si no estan a mucha resolucion, cosa que con el vnc va a pedales, y en teoria se puede hacer que te mande el sonido de una maquina a otra con el escritorio remoto (yo aun no lo he conseguido).