Virus me ha dejado carpetas y archivos "invisibles"

A ver el virus, pone "invisibles" las carpetas y los archivos que contiene, y genera otros archviso con los mismos nombres pero con la extensión .lnk

El caso es que parece que la infección está controlada, y el virus ha desaparecido, pero toca restaurar la información.... la información original está, pero en un "estado" un poco raro.

Os cuento

1- No veo los directorios ni archivos pero puedo moverme por las carpetas con comandos MS-DOS... y claro tengo que ir haciendo copy de los archivos a una carpeta "visible"... si tengo varios directorios, y en cada uno de ellos tengo más directorios, pues es trabajo de chinos. Puedo hacer un dir /s y veo todos los archivos y la estructura de directorios, por la que, como he dicho puedo moverme y lanzar comandos "copy".

2- Cuando digo "invisible" digo eso, a ver... no puedo modificar los atributos ni de las carpetas ni de los archivos para hacerlos "visibles" de forma automática. Lo dicho... copy de directorio en directorio. (He probado el xcopy /s pero en este caso tampoco da resultado).

¿Alguna herramienta tipo MS-DOS a prueba de estas situaciones? Además que me permite seleccionar en el proceso de copiado varias extensiones y además que copie también la estructura de directorios....

... la verdad es que no lo he intentado, pero... una vez haya sacado la información de esos directorios "fantasmas"... ¿¿tendré algún problema para eliminarlos??
Si funciona a base de comandos haz un copy de todo el perfil del usuario y metelo en una carpeta visible copiaras cosas de mas pero te libras de copiarlo de uno en uno.
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