Vaya, pues qué raro. No tengo mucha idea, pero desde mi experiencia personal te digo que he tenido el uTorrent bajando a 700kb/s directamente a mi WD 500gb externo por USB y 0 problemas. Además, se supone que el USB 2.0 llega hasta 480mbps, que vienen a ser unos 60MB/s. El HD no sé qué tasa de transferencia tendrá, pero seguro que más de 20MB/s. ¿No será que lo tienes en USB 1.1? ¿Notas muy lenta la transferencia de datos de tu HD interno al HD externo?
También podría ser un bug del uTorrent, o a saber. ¿Puede que realmente tengas el HD saturado? Mira el espacio libre (aunque seguramente ya lo habrás comprobado). Ten en cuenta que hay una opción que permite que aunque el archivo no esté completo, tenga el tamaño final, ocupando el espacio final que debería ocupar. Recuerdo que esta opción estaba en el Azureus, no sé si estará en el uTorrent.
A ver si a alguien se le ocurre algo. Un saludo!