Vale, es decir, meter unos torrents en un disco y otros en otro.
Para eso no te hace falta hacer nada raro, aunque no conozco uTorrent pero imagino que debería tener algo así: te debería permitir cambiar la ruta del torrent, dónde está guardado. Los clientes torrent que yo uso cuando le cambias la ruta te permite mover los datos automáticamente, no se si utorrent también lo hará, sinó tendrás que moverlos primero, luego cambiar la ruta y verificar datos.