En general, te va a limitar el disco duro, antes que esas conexiones.
El eSATA, en principio es mejor, porque es como conectar el disco, internamente, el USB3.0 conlleva una adaptación-conversión.
Pero el USB es mas cómodo, porque lleva alimentación, osea, si el disco es de 2.5, que se puede alimentar atraves del USB, es mejor USB3.0, ya que te dará la misma velocidad, pero mas cómodo, al no necesitar otro cable o un adaptador de corriente.