@Lord Tuétano Bueno, puede hacer de todo con él. Hasta instalar el sistema en él si le place, pero lo veo un poco tontería.
Como ha dicho
@Er_Garry , estara limitado al ancho de banda del USB. Si es USB 3.0 o superior esto no será un problema realmente.
Lo ideal es usar el SSD para el sistema operativo y los programas / juegos que más frecuentemente uses y el disco duro externo para el resto de cosas: almacenamiento de archivos en general, juegos de menos carga, otros usos.
¿Que puedes instalar el sistema en un disco USB? Sí,claro. Yo mismo tengo 2 pendrives que uso como si fuesen discos duros, es decir, instalados el sistema en ellos, uno con Debian y el otro con Win10 (con la memoria de intercambio desactivada). Y me los llevo del curro a casa, y de casa al curro, es "como llevarse tu ordenador entero"
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¿Problema?. Aun por USB 3.0 se nota diferencia con respecto a ser instalado en un disco duro interno. Debian va sobrado, Win10 cojea. Va aceptablemente bien, pero si tienes un mal dia te dan ganas de quitar el pendrive, meterle fuego, mearte en las cenizas y ... omito lo siguiente que haría.