Yo uso un joystick generico (copia de xbox 360) y con el syscon 0.6.4 y atmosphere a la ultima version (no se cual es) y el firmware tambien a la ultima 14.1.2, funciona perfectamente.
En mi caso es uno generico inalambrico copia de 360 como dije con su pincho usb, para conectarlo hay que tener el usb conectado a la switch y en la parte de controles, cambiar modo de sujecion u orden y mantener pulsado el boton home durante unos segundos.
TODOS los joystick usb (sean inalambricos con pincho o cable) que tengan boton home deberian ser compatibles, en mi prueba varios funcionan, pero si o si tienen que tener el boton home porque tenes que mantenerlo presionado para que se vincule o por lo menos asi me pasa a mi.
Adjunto foto de mi joystick por si sirve: