Porque Mega usa un sistema muy extraño de descargas. Primero descarga creando un archivo temporal en appdata/local/google/chrome, y luego cuando termina la descarga borra ese archivo y lo mueve a donde tu le dices.
El problema es que si cancelas la descarga a la mitad, nunca llega a borrar ese archivo temporal, y no se borra tampoco cuando borras archivos temporales de internet ni con el ccleaner.