La diferencia real es mínima entre los SATA que se fabrican ahora y los últimos IDE. La tasa de transferencia máxima de IDE es 133 MB/s y la de SATA 150 MB/s. En cualquier caso casi nunca se alcanza ese máximo, porque la tecnología de los HD's no da para más.
Por rendimiento, prácticamente no lo vas a notar, pero por compatibilidad hacia otro futuro sistema igual te merece la pena...
Saludos