Supongo que habras instalado el devkitpro y el palib; pues en la carpeta que esta la carpeta de el source hay un archivo llamado build.bat; le das y se hace.
Si lo que has hecho es descargarte el source de internet (con las librerias y todo) tendrias que meterte en la carpeta del devkitpro, por ejemplo C/devkitPro/PAlibTemplate y sustituyes la carpeta llamada source por la tuya.
IMPORTANTE!!! si no sabes de que te hablo sera mejor que te mires algunos tutoriales
http://www.elotrolado.net/hilo_programacion-en-nds-recopilacion-de-tutoriales-palib-y-voc_905471Saludos